Nejviditelnějším účinkem odstranění žaludku je ztráta místa pro skladování jídla během jeho trávení. Vzhledem k tomu, že do tenkého střeva může být najednou vpuštěno pouze malé množství potravy, bude pacient muset pravidelně konzumovat malé množství potravy, aby se zabránilo syndromu žaludečního dumpingu.

Dalším významným účinkem je ztráta. parietálních buněk vylučujících vnitřní faktor v žaludku. Vnitřní faktor je nezbytný pro příjem vitaminu B12 v terminálním ileu a bez něj bude pacient trpět nedostatkem vitaminu B12. To může vést k typu anémie známému jako megaloblastická anémie (může být také způsobena nedostatkem folátu nebo autoimunitním onemocněním, kde je specificky známá jako perniciózní anémie), která výrazně snižuje syntézu červených krvinek (známou jako erytropoéza, stejně jako další hemotologické buněčné linie, pokud jsou dostatečně závažné, ale červené buňky jsou postiženy jako první). To lze léčit přímým injekčním podáním vitaminu B12 pacientovi. Může se vyskytnout anémie s nedostatkem železa, protože žaludek normálně přeměňuje železo na vstřebatelnou formu.

Dalším vedlejším účinkem je ztráta produkce ghrelinu, která se po chvíli prokázala jako kompenzovaná. A konečně, tento postup je pooperačně spojen se sníženou hustotou kostí a vyšším výskytem zlomenin kostí. To může být způsobeno významem žaludeční kyseliny při vstřebávání vápníku.

Po operaci až u 70% pacientů podstupujících totální gastrektomii se rozvinou komplikace, jako je dumpingový syndrom a refluxní ezofagitida. Metaanalýza 25 studií zjistila, že konstrukce „pouzdra“, které slouží jako „náhrada žaludku“, snížilo výskyt syndromu dumpingu a refluxní ezofagitidy o 73%, respektive o 63%, a vedlo ke zlepšení kvality – život, výsledky výživy a index tělesné hmotnosti.

Po operaci Bilroth II může v duodenu zůstat malé množství zbytkové žaludeční tkáně. Alkalické prostředí způsobuje, že zadržovaná tkáň žaludku produkuje kyselinu, což může vést k vředům ve vzácné komplikaci známé jako syndrom zadrženého antra.

Všichni pacienti zhubnou po gastrektomii, i když rozsah úbytku hmotnosti závisí na rozsah chirurgického zákroku (celková gastrektomie vs. parciální gastrektomie) a předoperační BMI. K maximálnímu úbytku hmotnosti dojde do 12 měsíců a mnoho pacientů poté přibere na váze.