Významná vodní plocha (označovaná jako centrální American Seaway) kdysi oddělil kontinenty Severní a Jižní Ameriky, což umožnilo volně se mísit vody Tichého a Atlantického oceánu. Pod povrchem se dvě desky zemské kůry pomalu střetávaly a nutily kokosovou desku, aby sklouzla pod karibskou desku. Tlak a teplo způsobené touto srážkou vedly ke vzniku podvodních sopek, z nichž některé se zvětšily natolik, že Mezitím pohyb dvou tektonických desek tlačil také na mořské dno a nakonec nutil některé oblasti nad mořem.

Postupem času mezery mezi nimi vyplňovalo obrovské množství sedimentů ze Severní a Jižní Ameriky. nově se formující ostrovy. Po miliony let se usazeniny sedimentů přidávaly na ostrovy, dokud se mezera úplně nevyplnila. Nejpozději před 4,5 miliony let se mezi Severní a Jižní Amerikou vytvořila šíje. Článek v časopise Science uvedl, že krystaly zirkonu ve středním miocénním podloží ze severní Kolumbie naznačují, že před 10 miliony let je pravděpodobné, že místo ostrovů měl úplnou šíji mezi severoamerickým a jihoamerickým kontinentem y se formovaly tam, kde byla dříve Středoamerická plavba.

Důkazy také naznačují, že vytvoření této pevniny a následné teplé a vlhké počasí nad severní Evropou vyústilo ve vytvoření velké arktické ledové čepice a přispělo do současné doby ledové. To, že teplé proudy mohou vést k tvorbě ledovců, se může zdát neintuitivní, ale ohřátý vzduch proudící přes teplý Golfský proud může zadržovat více vlhkosti. Výsledkem jsou zvýšené srážky, které přispívají ke sněhové pokrývce.

Tvorba panamského šíje také hrála významnou roli v biologické rozmanitosti na planetě. Most usnadnil migraci zvířat a rostlin mezi těmito dvěma kontinenty. Tato událost je v paleontologii známá jako Great American Interchange. Například v Severní Americe se vačice, pásovec a dikobraz stopují zpět k předkům, kteří se dostali přes pozemní most z Jižní Ameriky. Stejně tak medvědi, kočky, psi, koně, lamy a mývalové – to vše se vydalo na jih přes šíji.