DOPIS

Se zájmem jsme si přečetli příspěvek „Analýza sekvence ribozomální RNA infekce Brucella mylně označená jako Ochrobactrum anthropi Infection“ od Horvata a kolegů (1 Článek uvádí, že izolát Brucella byl chybně identifikován jako Ochrobactrum anthropi. Výsledky 16S rRNA naznačují, že izoláty byly druhy Brucella, se 100% shodou se sekvencemi rRNA známých brucellae a nízkou homologií se sekvencemi Ochrobactrum anthropi.

Naše laboratoř se s takovými okolnostmi setkala od prosince 2011 třikrát. Kmeny byly izolovány z krevních kultur dvou pacientů trpících horečkou bez zjevné příčiny a z kultury kostní dřeně pacienta s lézí levé holenní kosti. Původně byly identifikovány jako Bordetella bronchiseptica (1 případ) a Ochrobactrum anthropi (2 případy) prostřednictvím mikrobiálního identifikačního systému Vitek 2 Compact a gramnegativní (GN) identifikační karty. Jako první případ (m identifikován jako Bordetella bronchiseptica) měl příznaky brucelózy splenomegalie, mírně zvýšenou transaminázu, typickou vlnitou horečku a významně zvýšenou hladinu lymfocytů v počtu jeho bílých krvinek, byla provedena 16S rRNA PCR amplifikace a sekvenování a výsledky byly analyzovány pomocí GenBank (přístupová čísla ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 a NC_009668.1). Výsledky ukázaly, že nejvyšší úroveň identity byla u Brucella abortus, Brucella melitensis a Brucella microti u Brucella spp., Stejně jako Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (pokrytí dotazu, 100%; maximální identita, 99%). Ochrobactrum anthropi však lze vyloučit na základě negativního výsledku pozorovaného při testu motility polotuhého média a bičíkovém barvení. Výsledky naznačují, že automatizovaný mikrobiální identifikační systém je nespolehlivý, takže dva konzervované kmeny, které byly Vitekovým testem identifikovány jako Ochrobactrum anthropi, byly subkultivovány a přehodnoceny. Byly provedeny 16S rRNA PCR amplifikace, sekvenování a seřazení. Výsledky byly podobné jako u prvního kmene; tj. nejvyšší identita byla u několika izolátů v Brucella spp. a Ochrobactrum anthropi. I zde bylo Ochrobactrum anthropi vyloučeno na základě negativního výsledku testu motility polotuhého média a bičíkového barvení. Také jsme provedli test, který k identifikaci kmenů Brucella použil PCR v reálném čase, po které následovala analýza křivky s vysokým rozlišením (HRM). Byli identifikováni jako Brucella melitensis. Všechny tři kmeny byly čínským CDC potvrzeny jako Brucella melitensis a séra pacientů byla pozitivní na protilátku Brucella pomocí mikroaglutinačního testu Brucella. Tyto tři skvrny byly sérotypovány jako biovar typu I.

Brucella je potenciál původce bioterorismu a také významný patogen způsobující laboratorně získané infekce (2, 3). Již dříve však byla hlášena chybná identifikace druhů Brucella některými komerčními systémy identifikace bakterií (4, 5). Kvůli těmto opakujícím se chybným identifikacím stále více Laboratoře se nyní při identifikaci Brucelly spoléhají na molekulární metody. Kromě zprávy Horvata a kolegů studie Gee et al. ukázaly, že konsensuální sekvence 16S rRNA druhu Brucella, generovaná po sekvenování 65 kmenů Brucelly 6 druhů 100% identita s 11 genovými sekvencemi rRNA Brucella 16S v GenBank, včetně kmenů B. melitensis 16M a B. suis kmen 1330 (6). Tyto výsledky naznačují, že metoda sekvenování genu 16S rRNA je účinným prostředkem pro klinickou identifikaci pomalu rostoucích gramnegativních bacilů, ale máme vážné obavy související s úplnou absencí homologie s Ochrobactrum anthropi ve srovnání s 99% shodou s Brucella spp. nebo zde uvedené kmeny Ochrobactrum anthropi (včetně kmene ATCC). Je to spojeno s používáním různých databází (SmartGene versus GenBank)? Těšíme se na odpověď Horvata a kolegů, abychom mohli lépe využívat 16S rRNA sekvenční analýzu k identifikaci pomalu rostoucích bakterií, jako je Brucella melitensis.