BREV

Vi læste med interesse papiret “Ribosomal RNA-sekvensanalyse af Brucella-infektion fejlagtigt identificeret som Ochrobactrum anthropi-infektion” af Horvat og kolleger (1 Papiret rapporterede, at et Brucella-isolat blev fejlagtigt identificeret som Ochrobactrum anthropi. 16S-rRNA-resultaterne viste, at isolaterne var Brucella-arter med 100% overensstemmelse med rRNA-sekvenser af kendte brucellae og lav homologi med Ochrobactrum anthropi-sekvenser.

Vores laboratorium har stødt på sådanne omstændigheder tre gange siden december 2011. Stammer blev isoleret fra blodkulturer fra to patienter, der led af feber uden tilsyneladende årsag, og fra en knoglemarvskultur hos en patient med en venstre tibial læsion De blev oprindeligt identificeret som Bordetella bronchiseptica (1 tilfælde) og Ochrobactrum anthropi (2 tilfælde) gennem Vitek 2 Compact mikrobielt identifikationssystem og Gram-negativt (GN) identifikationskort. Som det første tilfælde (m blev identificeret som Bordetella bronchiseptica) havde symptomer på splenomegali, let forhøjet transaminase, typisk undulant feber og et signifikant forhøjet lymfocytniveau i hans antal hvide blodlegemer, 16S rRNA PCR-amplifikation og sekventering blev udført, og resultaterne blev analyseret ved hjælp af GenBank (tiltrædelsesnumre ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 og NC_009668.1). Resultaterne viste, at det højeste niveau af identitet var for Brucella abortus, Brucella melitensis og Brucella microti blandt Brucella spp., Samt Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (forespørgsel dækning, 100%; maksimal identitet, 99%). Dog kunne Ochrobactrum anthropi ekskluderes på baggrund af et negativt resultat observeret i halvfast medium-motilitetstest og flagellærfarvning. Resultaterne antyder, at det automatiserede mikrobielle identifikationssystem er upålideligt, så to bevarede stammer identificeret som Ochrobactrum anthropi ved Vitek-testen blev underkultiveret og revurderet. 16S rRNA PCR-amplifikation, sekventering og justering blev udført. Resultaterne svarede til resultaterne for den første stamme; dvs. den højeste identitet var for flere isolater inden for Brucella spp. og Ochrobactrum anthropi. Også her blev Ochrobactrum anthropi ekskluderet baseret på et negativt resultat fra semisolid-medium motilitetstesten og flagellærfarvning. Vi udførte også testen, der anvendte realtids-PCR efterfulgt af HRM-kurveanalyse med høj opløsning for at identificere Brucella-stammerne. De blev identificeret som Brucella melitensis. Alle tre stammer blev bekræftet som Brucella melitensis af China CDC, og patienternes sera var positive over for Brucella-antistof ved hjælp af Brucella mikroagglutinationstesten. Disse tre pletter blev serotypet som biovar type I.

Brucella er et potentiale agent for bioterrorisme og også et signifikant patogen, der forårsager laboratorieindkøbte infektioner (2, 3). Der er imidlertid tidligere rapporteret om forkert identifikation af Brucella-arter af nogle kommercielle bakterielle identifikationssystemer (4, 5). laboratorier er nu afhængige af molekylære metoder til at identificere Brucella. Ud over rapporten fra Horvat og kolleger har studier af Gee et al. vist, at Brucella-arten 16S rRNA-konsensussekvens, genereret efter 65 Brucella-stammer af 6 arter, blev sekventeret, delt 100% identitet med 11 Brucella 16S rRNA-gensekvenser i GenBank, inklusive B. melitensis-stamme 16M og B. suis-stamme 1330 (6). Disse resultater indikerer, at 16S rRNA-gensekventeringsmetoden er et effektivt middel til klinisk at identificere langsomt voksende gramnegative baciller, men vi har alvorlige bekymringer relateret til det fuldstændige fravær af homologi med Ochrobactrum anthropi sammenlignet med 99% match til Brucella spp. eller Ochrobactrum anthropi-stammerne (inklusive ATCC-stammen), der er rapporteret her. Er dette forbundet med brugen af forskellige databaser (SmartGene versus GenBank)? Vi ser frem til et svar fra Horvat og kolleger for at gøre bedre brug af 16S rRNA-sekvensanalyse til at identificere langsomt voksende bakterier såsom Brucella melitensis.