El efecto más obvio de la extirpación del estómago es la pérdida de un lugar de almacenamiento para los alimentos mientras se digieren. Dado que solo se puede permitir una pequeña cantidad de comida en el intestino delgado a la vez, el paciente tendrá que comer pequeñas cantidades de comida con regularidad para prevenir el síndrome de descarga gástrica.

Otro efecto importante es la pérdida de las células parietales secretoras del factor intrínseco en el revestimiento del estómago. El factor intrínseco es esencial para la captación de vitamina B12 en el íleon terminal y sin él el paciente sufrirá una deficiencia de vitamina B12. Esto puede conducir a un tipo de anemia conocida como anemia megaloblástica (también puede ser causada por deficiencia de folato o enfermedad autoinmune donde se conoce específicamente como anemia perniciosa) que reduce severamente la síntesis de glóbulos rojos (conocida como eritropoyesis, así como otras linajes de células hemotológicas si son lo suficientemente graves, pero el glóbulo rojo es el primero en verse afectado). Esto se puede tratar administrando al paciente inyecciones directas de vitamina B12. La anemia por deficiencia de hierro puede ocurrir cuando el estómago normalmente convierte el hierro en su forma absorbible.

Otro efecto secundario es la pérdida de producción de grelina, que se ha demostrado que se compensa después de un tiempo. Por último, este procedimiento se asocia postoperatoriamente con una disminución de la densidad ósea y una mayor incidencia de fracturas óseas. Esto puede deberse a la importancia del ácido gástrico en la absorción del calcio.

Después de la operación, hasta el 70% de los pacientes sometidos a gastrectomía total desarrollan complicaciones como síndrome de dumping y esofagitis por reflujo. Un metaanálisis de 25 estudios encontró que la construcción de una «bolsa», que sirve como «sustituto del estómago», redujo la incidencia del síndrome de dumping y la esofagitis por reflujo en un 73% y 63% respectivamente, y condujo a mejoras en la calidad de -vida, resultados nutricionales e índice de masa corporal.

Después de la cirugía Bilroth II, puede quedar una pequeña cantidad de tejido gástrico residual en el duodeno. El entorno alcalino hace que el tejido gástrico retenido produzca ácido, lo que puede provocar úlceras en una complicación poco común conocida como síndrome del antro retenido.

Todos los pacientes pierden peso después de la gastrectomía, aunque el grado de pérdida de peso depende de la extensión de la cirugía (gastrectomía total frente a gastrectomía parcial) y el IMC preoperatorio. La pérdida de peso máxima ocurre a los 12 meses y muchos pacientes recuperan peso después.