Vatsan poistamisen ilmeisin vaikutus on ruoan varastointipaikan menetys sen pilkkoutumisen aikana. Koska vain pieni määrä ruokaa voidaan päästää ohutsuoleen kerrallaan, potilaan on syötävä säännöllisesti pieniä määriä ruokaa mahalaukun oireyhtymän estämiseksi.

Toinen merkittävä vaikutus on menetys sisäistä tekijää erittäviä parietaalisoluja mahalaukussa. Luontainen tekijä on välttämätön B12-vitamiinin imeytymiselle terminaaliseen ileumiin, ja ilman sitä potilas kärsii B12-vitamiinin puutoksesta. Tämä voi johtaa tietyntyyppiseen anemiaan, joka tunnetaan nimellä megaloblastinen anemia (voi johtua myös folaattivajeesta tai autoimmuunisairaudesta, jos se tunnetaan nimenomaisesti haitallisena anemiana), joka vähentää voimakkaasti punasolujen synteesiä (tunnetaan nimellä erytropoieesi sekä muut hemotologiset solulinjat, jos ne ovat riittävän vakavia, mutta punasolu vaikuttaa ensin). Tämä voidaan hoitaa antamalla potilaalle suorat B12-vitamiinin injektiot. Raudanpuuteanemiaa voi esiintyä, kun vatsa muuntaa raudan normaalisti imeytyvään muotoon.

Toinen sivuvaikutus on greliinituotannon menetys, jonka on osoitettu kompensoituvan jonkin ajan kuluttua. Viimeiseksi tämä toimenpide liittyy leikkauksen jälkeen vähentyneeseen luun tiheyteen ja luumurtumien suurempaan ilmaantuvuuteen. Tämä voi johtua mahahapon merkityksestä kalsiumin imeytymisessä.

Leikkauksen jälkeen jopa 70%: lla potilaista, joille tehdään gastrektomia, kehittyy komplikaatioita, kuten polkumyynnin oireyhtymä ja refluksiösofagiitti. 25 tutkimuksen meta-analyysissä todettiin, että ”vatsan korvikkeena” toimivan ”pussin” rakentaminen vähensi polkumyynnin oireyhtymän ja refluksoituvan ruokatorvitulehduksen esiintyvyyttä 73% ja 63% ja johti parannuksiin -elämä, ravitsemustulokset ja painoindeksi.

Bilroth II -leikkauksen jälkeen pohjukaissuoleen voi jäädä pieni määrä jäljellä olevaa mahakudosta. Emäksinen ympäristö saa pidätetyn mahakudoksen tuottamaan happoa, mikä voi johtaa haavaumiin harvinaisessa komplikaatiossa, joka tunnetaan nimellä pidättynyt antrumin oireyhtymä. leikkauksen laajuus (gastrektomia kokonaisuudessaan vs. osittainen gastrektomia) ja leikkausta edeltävä BMI. Suurin painonlasku tapahtuu 12 kuukaudella, ja monet potilaat palaavat painonsa jälkeenpäin.