Merkittävä vesistö (kutsutaan Keski-Eurooppaan) American Seaway) erotti kerran Pohjois- ja Etelä-Amerikan mantereet, jolloin Tyynenmeren ja Atlantin valtameren vedet voivat sekoittua vapaasti. Pinnan alla kaksi maapallon kuorta levyä törmäsivät hitaasti pakottaen Cocos-levyn liukumaan Karibian levyn alle. Tämän törmäyksen aiheuttama paine ja lämpö johtivat vedenalaisten tulivuorien muodostumiseen, joista osa kasvoi riittävän suuriksi Sillä välin kahden tektonisen levyn liike työnsi myös merenpohjaa ylöspäin ja pakotti lopulta jotkut alueet merenpinnan yläpuolelle.

Ajan myötä massiiviset määrät pohjois- ja eteläamerikkalaisista sedimenteistä täyttivät aukot vasta muodostuneet saaret. Miljoonien vuosien aikana saostumat kasvoivat saarille, kunnes aukko oli täysin täytetty. Viimeistään 4,5 miljoonaa vuotta sitten pohjan ja Etelä-Amerikan välille oli muodostunut kannaksen. Science-lehden artikkeli totesi, että Pohjois-Kolumbiasta peräisin olevan keskimääräisen mioseenisen kallioperän zirkonikiteet osoittivat, että 10 miljoonaa vuotta sitten on todennäköistä, että saarten sijaan Pohjois-Etelä- ja Etelä-Amerikan mantereiden välinen täysi kannas oli jo lukenut y muodostui siellä missä Keski-Amerikan meriväylä oli aiemmin ollut.

Todisteet viittaavat myös siihen, että tämän maamassan muodostuminen ja sitä seurannut lämmin, märkä sää Pohjois-Euroopan yläpuolella johtivat suuren arktisen jääpeitteen muodostumiseen ja vaikuttivat siihen nykyiseen jääkauteen. Se, että lämpimät virtaukset voivat johtaa jäätikön muodostumiseen, saattaa tuntua epäluuloiselta, mutta lämmin Golfvirran yli virtaava lämmitetty ilma voi pitää enemmän kosteutta. Tuloksena on lisääntynyt sateiden määrä, joka vaikuttaa lumisateeseen.

Panaman kannaksen muodostumisella oli myös tärkeä rooli planeetan biologisessa monimuotoisuudessa. Silta helpotti eläinten ja kasvien vaeltamista kahden maanosan välillä. Tämä tapahtuma tunnetaan paleontologiassa nimellä Great American Interchange. Esimerkiksi Pohjois-Amerikassa opossum, armadillo ja piikkisika jäljittelevät kaikki esi-isistä, jotka tulivat maasillan yli Etelä-Amerikasta. Samoin karhut, kissat, koirat, hevoset, laamat ja pesukarhut tekivät vaelluksen etelään kannaksen yli.