KIRJE

Luimme mielenkiinnolla Horvatin ja hänen kollegoidensa (1) Brucella-infektion ribosomaalisen RNA-sekvenssianalyysin väärin tunnistetuksi Ochrobactrum anthropi -infektioksi. ) .Paperi kertoi, että Brucella-isolaatti tunnistettiin väärin Ochrobactrum anthropiksi. 16S-rRNA-tulokset osoittivat, että isolaatit olivat Brucella-lajeja, 100 prosentin suostumuksella tunnettujen brusellien rRNA-sekvensseihin ja vähäisellä homologialla Ochrobactrum anthropi -sekvenssien kanssa.

Laboratoriossamme on ollut tällaisia olosuhteita kolme kertaa joulukuusta 2011 lähtien. Kannat eristettiin kahden potilaan veriviljelmistä, jotka kärsivät kuumeesta ilman ilmeistä syytä, ja potilaan luuydeviljelmästä, jolla oli vasemman sääriluun vaurio. bronchiseptica (1 tapaus) ja Ochrobactrum anthropi (2 tapausta) Vitek 2 Compact -mikrobitunnistusjärjestelmän ja gramnegatiivisen (GN) henkilökortin kautta. tunnistettiin nimellä Bordetella bronchiseptica) splenomegalia-luomistautio-oireet, lievästi kohonnut transaminaasiarvot, tyypillinen undulanttinen kuume ja merkittävästi kohonnut lymfosyyttitaso hänen valkosoluissaan, suoritettiin 16S rRNA: n PCR-monistus ja sekvensointi ja tulokset analysoitiin GenBankilla (liittymisnumerot ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 ja NC_009668.1). Tulokset osoittivat, että korkein identiteettitaso oli Brucella abortus, Brucella melitensis ja Brucella microti Brucella spp: n sekä Ochrobactrum anthropi ATCC 49188: n joukossa (kyselyn kattavuus, 100%; suurin identiteetti, 99%). Ochrobactrum anthropi voidaan kuitenkin sulkea pois puolikiinteän ja väliaineen liikkuvuustestissä havaitun negatiivisen tuloksen ja lippulaarivärjäyksen perusteella. Tulokset viittaavat siihen, että automaattinen mikrobien tunnistusjärjestelmä ei ole luotettava, joten kaksi Vitek-testillä Ochrobactrum anthropiksi tunnistettua säilytettyä kantaa viljeltiin ja arvioitiin uudelleen. Suoritettiin 16S rRNA: n PCR-monistus, sekvensointi ja kohdistus. Tulokset olivat samanlaisia kuin ensimmäisen kannan; eli suurin identiteetti oli useilla isolaateilla Brucella spp: ssä. ja Ochrobactrum anthropi. Tässäkin tapauksessa Ochrobactrum anthropi suljettiin pois puolikiinteän ja väliaineen motiliteettitestin ja lippuvärjäyksen negatiivisen tuloksen perusteella. Teimme myös testin, jossa käytettiin reaaliaikaista PCR: ää, jota seurasi korkean resoluution sulamiskäyräanalyysi Brucella-kantojen tunnistamiseksi. Ne tunnistettiin Brucella melitensikseksi. Kiina CDC vahvisti kaikki kolme kantaa Brucella melitensikseksi, ja potilaiden seerumit olivat positiivisia Brucella-vasta-aineelle käyttämällä Brucella-mikroagglutinaatiotestiä. Nämä kolme tahraa serotypoitiin tyypin I biomuuttujaan.

Brucella on potentiaali bioterrorismin aiheuttaja ja myös merkittävä taudinaiheuttaja, joka aiheuttaa laboratoriossa saatuja infektioita (2, 3). Brucella-lajien virheellisestä tunnistamisesta joissakin kaupallisissa bakteerien tunnistamisjärjestelmissä on kuitenkin aiemmin raportoitu (4, 5). Näiden toistuvien väärintunnistusten vuoksi yhä useampi laboratoriot luottavat nyt molekyylimenetelmiin Brucellan tunnistamiseksi.Horvatin ja hänen kollegoidensa raportin lisäksi Gee ym. -tutkimukset ovat osoittaneet, että Brucella-lajin 16S rRNA-konsensussekvenssi, joka syntyi sen jälkeen, kun 6 lajin 65 Brucella-kantaa oli sekvensoitu, jaettu 100-prosenttinen identtisyys 11 Brucella 16S -RRNA-geenisekvenssin kanssa GenBankissa, mukaan lukien B. melitensis -kanta 16M ja B. suis -kanta 1330 (6). 16S-rRNA-geenisekvensointimenetelmä on tehokas tapa kliinisesti tunnistaa hitaasti kasvavat gram-negatiiviset basillit, mutta meillä on vakavia huolenaiheita homologian täydellisestä puuttumisesta Ochrobactrum anthropin kanssa verrattuna 99%: n vastaavuuteen Brucella spp: n kanssa. tai tässä ilmoitetut Ochrobactrum anthropi -kannat (mukaan lukien ATCC-kanta). Liittyykö tämä erilaisten tietokantojen käyttöön (SmartGene vs. GenBank)? Odotamme Horvatin ja hänen kollegoidensa vastausta, jotta voimme paremmin hyödyntää 16S rRNA-sekvenssianalyysiä hitaasti kasvavien bakteerien, kuten Brucella melitensis, tunnistamiseksi.