Une masse d’eau importante (appelée la centrale American Seaway) séparait autrefois les continents de l’Amérique du Nord et du Sud, permettant aux eaux des océans Pacifique et Atlantique de se mélanger librement. Sous la surface, deux plaques de la croûte terrestre entraient lentement en collision, forçant la plaque Cocos à glisser sous la plaque caribéenne. La pression et la chaleur causées par cette collision ont conduit à la formation de volcans sous-marins, dont certains sont devenus suffisamment grands pour Pendant ce temps, le mouvement des deux plaques tectoniques poussait également vers le haut du fond marin, forçant finalement certaines zones au-dessus du niveau de la mer.

Au fil du temps, des quantités massives de sédiments d’Amérique du Nord et d’Amérique du Sud ont comblé les lacunes entre les îles nouvellement formées. Pendant des millions d’années, les dépôts de sédiments se sont ajoutés aux îles jusqu’à ce que l’écart soit complètement comblé. Il y a 4,5 millions d’années au plus tard, un isthme s’était formé entre l’Amérique du Nord et l’Amérique du Sud. Cependant, un article du magazine Science a déclaré que les cristaux de zircon dans le substratum rocheux du Miocène moyen du nord de la Colombie indiquaient qu’il y a 10 millions d’années, il est probable qu’au lieu d’îles, un isthme complet entre les continents nord et sud-américain avait déjà y formé là où la Voie maritime d’Amérique centrale se trouvait auparavant.

Les preuves suggèrent également que la création de cette masse terrestre et le temps chaud et humide qui a suivi sur le nord de l’Europe ont entraîné la formation d’une grande calotte glaciaire arctique et ont contribué à l’ère glaciaire actuelle. Le fait que les courants chauds puissent conduire à la formation de glaciers peut sembler contre-intuitif, mais l’air chaud circulant sur le Gulf Stream chaud peut retenir plus d’humidité. Le résultat est une augmentation des précipitations qui contribue au manteau neigeux.

La formation de l’isthme de Panama a également joué un rôle majeur dans la biodiversité de la planète. Le pont a facilité la migration des animaux et des plantes entre les deux continents. Cet événement est connu en paléontologie sous le nom de Great American Interchange. Par exemple, en Amérique du Nord, l’opossum, le tatou et le porc-épic remontent tous à des ancêtres qui ont traversé le pont terrestre d’Amérique du Sud. De même, les ours, les chats, les chiens, les chevaux, les lamas et les ratons laveurs ont tous fait le voyage vers le sud à travers l’isthme.