LETTRE

Nous lisons avec intérêt l’article « Analyse de la séquence d’ARN ribosomal de l’infection à Brucella à tort identifiée comme une infection à Ochrobactrum anthropi » par Horvat et ses collègues (1 Le document a rapporté qu’un isolat de Brucella a été mal identifié comme étant Ochrobactrum anthropi. Les résultats de l’ARNr 16S ont indiqué que les isolats étaient des espèces de Brucella, avec un accord de 100% avec les séquences d’ARNr des brucelles connues et une faible homologie avec les séquences d’Ochrobactrum anthropi.

Notre laboratoire a rencontré trois fois de telles circonstances depuis décembre 2011. Des souches ont été isolées à partir d’hémocultures de deux patients souffrant de fièvre sans cause apparente et d’une culture de moelle osseuse d’un patient atteint d’une lésion tibiale gauche. Elles ont été initialement identifiées comme Bordetella bronchiseptica (1 cas) et Ochrobactrum anthropi (2 cas) grâce au système d’identification microbienne Vitek 2 Compact et à la carte d’identification à Gram négatif (GN). Comme le premier cas (m est identifié comme Bordetella bronchiseptica) présentait des symptômes de brucellose de splénomégalie, une transaminase légèrement élevée, une fièvre ondulante typique et un taux de lymphocytes significativement élevé dans son nombre de globules blancs, une amplification et un séquençage par PCR de l’ARNr 16S ont été effectués et les résultats ont été analysés à l’aide de GenBank (numéros d’accession ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 et NC_009668.1). Les résultats ont indiqué que le niveau le plus élevé d’identité visait Brucella abortus, Brucella melitensis et Brucella microti parmi les Brucella spp., Ainsi que Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (couverture de la requête, 100%; identité maximale, 99%). Cependant, Ochrobactrum anthropi pourrait être exclu sur la base d’un résultat négatif observé dans le test de motilité semi-solide-milieu et coloration flagellaire. Les résultats suggèrent que le système d’identification microbienne automatisé n’est pas fiable, de sorte que deux souches préservées identifiées comme Ochrobactrum anthropi par le test Vitek ont été repiquées et réévaluées. L’amplification, le séquençage et l’alignement par PCR de l’ARNr 16S ont été réalisés. Les résultats étaient similaires à ceux de la première souche; c’est-à-dire que l’identité la plus élevée concernait plusieurs isolats dans les Brucella spp. et Ochrobactrum anthropi. Là encore, Ochrobactrum anthropi a été exclu sur la base d’un résultat négatif du test de motilité semi-solide et de coloration flagellaire. Nous avons également effectué le test qui utilisait une PCR en temps réel suivie d’une analyse de la courbe de fusion à haute résolution (HRM) pour identifier les souches de Brucella. Ils ont été identifiés comme Brucella melitensis. Les trois souches ont été confirmées comme Brucella melitensis par le CDC de Chine, et les sérums des patients étaient positifs pour l’anticorps Brucella en utilisant le test de microagglutination de Brucella. Ces trois colorants ont été sérotypés comme biovar de type I.

Brucella est un potentiel agent de bioterrorisme et également un agent pathogène important causant des infections nosocomiales (2, 3). Cependant, des erreurs d’identification des espèces de Brucella par certains systèmes commerciaux d’identification bactérienne ont déjà été signalées (4, 5). En raison de ces erreurs récurrentes, de plus en plus Les laboratoires s’appuient désormais sur des méthodes moléculaires pour identifier Brucella. En plus du rapport de Horvat et ses collègues, des études de Gee et al.ont montré que la séquence consensus de l’ARNr 16S de Brucella, générée après 65 souches de Brucella de 6 espèces ont été séquencées, partagées 100% d’identité avec 11 séquences génétiques de l’ARNr de Brucella 16S dans GenBank, y compris la souche 16M de B. melitensis et la souche 1330 de B. suis (6). Ces résultats indiquent que la méthode de séquençage du gène de l’ARNr 16S est un moyen efficace d’identifier cliniquement les bacilles à Gram négatif à croissance lente, mais nous avons de sérieuses préoccupations liées à l’absence totale d’homologie avec Ochrobactrum anthropi par rapport à la correspondance à 99% avec Brucella spp. ou les souches d’Ochrobactrum anthropi (y compris la souche ATCC) rapportées ici. Est-ce lié à l’utilisation de différentes bases de données (SmartGene versus GenBank)? Nous attendons avec impatience une réponse de Horvat et de ses collègues afin de mieux utiliser l’analyse de la séquence de l’ARNr 16S pour identifier les bactéries à croissance lente telles que Brucella melitensis.