Nel 1919, dopo che gli anarchici non riescono ad assassinare il procuratore generale A. Mitchell Palmer, mette il suo protetto J. Edgar Hoover a capo di una nuova divisione dedicata all’epurazione dei radicali. Hoover inizia rapidamente a compilare un elenco di sospetti. Incontra Helen Gandy, una nuova segretaria al Dipartimento di Giustizia, e la porta alla Biblioteca del Congresso per mostrarle il sistema di catalogo delle carte che ha ideato. Le fa un passaggio goffo, poi le propone. Lei lo rifiuta, ma accetta di diventare la sua segretaria personale.

Hoover scopre che il Dipartimento del lavoro si rifiuta di deportare chiunque senza prove di un crimine. Apprendendo che Anthony Caminetti, il Commissario generale per l’immigrazione, non ama l’anarchica Emma Goldman, Hoover si organizza per renderla idonea alla deportazione e crea così un precedente di deportazione per cospirazione radicale. A seguito di diverse incursioni del Dipartimento di Giustizia di sospetti gruppi radicali, Palmer perde il lavoro come procuratore generale. Il suo successore, Harlan F. Stone, nomina Hoover direttore del nuovo Bureau of Investigation del Dipartimento di Giustizia. Hoover incontra l’avvocato Clyde Tolson e lo assume.

Quando il rapimento di Lindbergh cattura l’attenzione nazionale, il presidente Herbert Hoover chiede al Bureau di indagare, che impiega diverse nuove tecniche, tra cui il monitoraggio dei numeri di registrazione sulle richieste di riscatto e l’analisi di esperti della grafia del rapitore. Quando le fatture monitorate iniziano a comparire a New York City, gli investigatori trovano un addetto alla stazione di servizio che ha annotato il numero di targa dell’uomo che gli ha dato il conto. Questo porta all’arresto e alla condanna finale di Bruno Richard Hauptmann per il rapimento e l’omicidio del bambino Lindbergh.

Dopo la madre di Hoover, Tolson e Hoover (con cui Hoover vive ancora) vedono il Il film di James Cagney G Men, Hoover e Tolson escono in un club, dove Hoover è seduto con Anita Colby, Ginger Rogers e la madre di Rogers, Lela. Rogers “la madre chiede a Hoover di ballare e lui si agita, dicendo che lui e Tolson devono andarsene, dato che hanno molto lavoro da fare la mattina. Quando torna a casa, dice a sua madre che non gli piace ballare con le ragazze. Lei gli dice che preferirebbe che suo figlio morisse piuttosto che un “narciso”. Insiste per insegnargli a ballare, e loro ballano nella sua camera da letto.

Hoover e Tolson vanno in vacanza alle corse dei cavalli. sera, Hoover dice a Tolson che gli sta a cuore, e Tolson dice a Hoover che lo ama. Hoover va nel panico e afferma di voler sposare Dorothy Lamour. Tolson accusa Hoover di prenderlo in giro e finiscono per litigare per il Tolson bacia improvvisamente Hoover, il quale dice che non deve mai più succedere, Tolson dice che non lo farà e cerca di andarsene. Hoover si scusa e lo supplica di restare, ma Tolson minaccia di porre fine alla loro amicizia se Hoover parla di nuovo di un’altra donna. Dopo che Tolson se ne è andato, Hoover dice che anche lui lo ama.

Anni dopo, Hoover sente che le sue forze iniziano a diminuire, mentre Tolson soffre di un ictus. Hoover cerca di ricattare Martin Luther King, Jr. per fargli rifiutare il suo Premio Nobel per la Pace, inviandogli una lettera che minaccia di smascherare le sue relazioni extraconiugali. King lo ignora e accetta il premio.

Hoover dice a Gandy di distruggere i suoi file segreti dopo la sua morte per impedire al presidente Richard Nixon di possederli. Visita Tolson, che lo esorta a ritirarsi. Hoover rifiuta, sostenendo che Nixon distruggerà l’ufficio che ha creato. Tolson accusa Hoover di aver esagerato il suo coinvolgimento con gli eventi chiave del Bureau. Qualche istante dopo, Hoover dice a Tolson che aveva bisogno di Tolson più di quanto avesse mai avuto bisogno di chiunque altro. Tiene la mano di Tolson, gli bacia la fronte e se ne va.

Hoover torna a casa dal lavoro, evidentemente indebolito. Poco dopo che Hoover è andato di sopra, la sua governante chiama Tolson, che va a casa e trova Hoover morto accanto al suo letto. Un Tolson addolorato copre il corpo del suo amico. Nixon tiene un discorso commemorativo in televisione per Hoover, mentre diversi membri del suo staff entrano nell’ufficio di Hoover e frugano negli armadi e nei cassetti alla ricerca dei suoi file “riservati”, ma non trovano nulla. Nell’ultima scena, Gandy distrugge le pile di file.