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Leggiamo con interesse l’articolo “Ribosomal RNA Sequence Analysis of Brucella Infection Misidentified as Ochrobactrum anthropi Infection” di Horvat e colleghi (1 L’articolo riportava che un isolato di Brucella era stato erroneamente identificato come Ochrobactrum anthropi. I risultati di 16S rRNA indicavano che gli isolati erano specie Brucella, con il 100% di concordanza con le sequenze di rRNA di brucelle note e con bassa omologia con le sequenze di Ochrobactrum anthropi. p> Il nostro laboratorio ha riscontrato tali circostanze tre volte da dicembre 2011. I ceppi sono stati isolati da emocolture di due pazienti affetti da febbre senza causa apparente e da una coltura di midollo osseo di un paziente con lesione tibiale sinistra. Inizialmente sono stati identificati come Bordetella bronchiseptica (1 caso) e Ochrobactrum anthropi (2 casi) tramite il sistema di identificazione microbica Vitek 2 Compact e la scheda di identificazione Gram-negativi (GN) Come il primo caso (m è identificato come Bordetella bronchiseptica) presentava sintomi di brucellosi di splenomegalia, transaminasi leggermente elevata, tipica febbre ondulante e un livello di linfociti significativamente elevato nella conta dei globuli bianchi, sono stati eseguiti l’amplificazione e il sequenziamento della PCR 16S rRNA ei risultati sono stati analizzati utilizzando GenBank (numeri di accesso ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 e NC_009668.1). I risultati hanno indicato che il livello più alto di identità era quello di Brucella abortus, Brucella melitensis e Brucella microti tra le Brucella spp., Nonché Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (copertura query, 100%; identità massima, 99%). Tuttavia, Ochrobactrum anthropi potrebbe essere escluso sulla base di un risultato negativo osservato nel test di motilità semisolido-medio e nella colorazione flagellare. I risultati suggeriscono che il sistema automatizzato di identificazione microbica non è affidabile, quindi due ceppi conservati identificati come Ochrobactrum anthropi dal test Vitek sono stati sottocoltivati e rivalutati. Sono stati eseguiti l’amplificazione, il sequenziamento e l’allineamento della PCR dell’rRNA 16S. I risultati erano simili a quelli per il primo ceppo; cioè, l’identità più alta era quella di diversi isolati all’interno di Brucella spp. e Ochrobactrum anthropi. Anche in questo caso, Ochrobactrum anthropi è stato escluso sulla base di un risultato negativo del test di motilità semisolido-medio e colorazione flagellare. Abbiamo anche eseguito il test che utilizzava la PCR in tempo reale seguita dall’analisi della curva di fusione ad alta risoluzione (HRM) per identificare i ceppi di Brucella. Sono stati identificati come Brucella melitensis. Tutti e tre i ceppi sono stati confermati come Brucella melitensis dal China CDC e i sieri dei pazienti sono risultati positivi per l’anticorpo Brucella utilizzando il test di microagglutinazione Brucella. Queste tre macchie sono state sierotipizzate come biovar tipo I.

Brucella è un potenziale agente di bioterrorismo e anche un patogeno significativo che causa infezioni acquisite in laboratorio (2, 3). Tuttavia, l’errata identificazione delle specie Brucella da parte di alcuni sistemi di identificazione batterica commerciale è stata precedentemente segnalata (4, 5). A causa di queste ricorrenti errate identificazioni, sempre di più i laboratori si affidano ora a metodi molecolari per identificare Brucella. Oltre al rapporto di Horvat e colleghi, studi di Gee et al.hanno dimostrato che la sequenza di consenso dell’rRNA 16S della specie Brucella, generata dopo che 65 ceppi di Brucella di 6 specie sono stati sequenziati, condivisi Identità al 100% con 11 sequenze del gene rRNA di Brucella 16S in GenBank, inclusi B. melitensis ceppo 16M e B. suis ceppo 1330 (6). Questi risultati indicano che il metodo di sequenziamento del gene 16S rRNA è un mezzo efficiente per identificare clinicamente i bacilli Gram-negativi a crescita lenta, ma abbiamo serie preoccupazioni legate alla completa assenza di omologia con Ochrobactrum anthropi rispetto al 99% di corrispondenza con Brucella spp. o i ceppi di Ochrobactrum anthropi (incluso il ceppo ATCC) qui riportati. Ciò è associato all’uso di database diversi (SmartGene rispetto a GenBank)? Attendiamo con impazienza una risposta da Horvat e colleghi in modo da utilizzare meglio l’analisi della sequenza di rRNA 16S per identificare batteri a crescita lenta come Brucella melitensis.