Den mest åpenbare effekten av fjerning av magen er tap av lagringsplass for mat mens den blir fordøyd. Siden bare en liten mengde mat kan slippes inn i tynntarmen om gangen, vil pasienten måtte spise små mengder mat regelmessig for å forhindre gastrisk dumping syndrom.

En annen viktig effekt er tapet av de iboende faktor-utskillende parietale celler i magesekken. Egenfaktor er avgjørende for opptak av vitamin B12 i terminal ileum, og uten den vil pasienten lide av vitamin B12-mangel. Dette kan føre til en type anemi kjent som megaloblastisk anemi (kan også være forårsaket av folatmangel, eller autoimmun sykdom der den er spesielt kjent som pernisiøs anemi) som reduserer syntese av røde blodlegemer (kjent som erytropoies, så vel som andre hemotologiske cellelinjer hvis de er alvorlige nok, men den røde cellen er den første som blir berørt). Dette kan behandles ved å gi pasienten direkte injeksjoner av vitamin B12. Jernmangelanemi kan oppstå da magen normalt omdanner jern til sin absorberbare form.

En annen bivirkning er tap av ghrelinproduksjon, som har vist seg å bli kompensert etter en stund. Til slutt er denne prosedyren postoperativt assosiert med redusert bentetthet og høyere forekomst av beinbrudd. Dette kan skyldes betydningen av magesyre i kalsiumabsorpsjon.

Postoperativt utvikler opptil 70% av pasientene som gjennomgår total gastrektomi komplikasjoner som dumping syndrom og refluksøsofagitt. En metaanalyse av 25 studier fant at konstruksjon av en «pose», som fungerer som en «magesubstitutt», reduserte forekomsten av dumping syndrom og refluksøsofagitt med henholdsvis 73% og 63%, og førte til forbedringer i kvaliteten på -liv, ernæringsmessige utfall og kroppsmasseindeks.

Etter kirurgi av Bilroth II kan det være igjen en liten mengde gjenværende magevev i tolvfingertarmen. Det alkaliske miljøet får det tilbakeholdte magevevet til å produsere syre, noe som kan føre til sår i en sjelden komplikasjon kjent som beholdt antrumsyndrom.

Alle pasienter går ned i vekt etter gastrektomi, selv om omfanget av vekttap er avhengig av omfanget av kirurgi (total gastrektomi vs delvis gastrektomi) og preoperativ BMI. Maksimalt vekttap skjer med 12 måneder, og mange pasienter gjenvinner vekt etterpå.