En lagune er en grunne vannmasse beskyttet mot en større vannmasse (vanligvis havet) av sandstenger, barriereøyer eller korallrev. Lagoner kalles ofte elvemunninger, lyder, bukter eller til og med innsjøer.
Kystlagoner
Laguner skjermet av sandstenger eller barriereøyer kalles kystlaguner. Kystlaguner dannes langs kystsletter – flate eller svakt skrånende landskap. De dannes i områder med små tidevannsområder. Kystlaguner opprettes som et grunt basseng nær kysten eroderer gradvis, og havet siver inn mellom sandstengene eller barriereøyene.
Størrelsen og dybden på kystlagunene avhenger ofte av havnivået. Når havnivået er lavt, er kystlagunene sumpete våtmarker. Når havnivået er høyt, kan de se ut som kystvann eller bukter.
De ytre bankene er barriereøyer langs kysten av de amerikanske delstatene North Carolina og Virginia. De ytre bankene lager en serie laguner kjent som lyder: Currituck Sound, Albemarle Sound og Pamlico Sound. Disse områdene er skjermet for stormflo og andre bølger som ofte banker på kysten i Atlanterhavets orkansesong.
De ytre bankene er faktisk enorme sandstenger. De er ikke forankret til jorden og lider av kystserosjon under stormer. Beskyttelsen de tilbyr bredder og laguner er avgjørende for miljøet og økonomien i regionen. Ingeniører overvåker og vedlikeholder kontinuerlig de ytre bankene ved å mudre sand fra havbunnen for å befeste øyene.
Lagunene til de ytre bankene har stort sett brakkvann, en blanding av saltvann fra Atlanterhavet og ferskvann fra mange elvemunninger i området. Området er rikt på biologisk mangfold: vannfugler og fisk fra flyndre til bass trives i regionen.
Reiselivsnæringen trives også i kystlaguner ved de ytre bankene. I tillegg til fiske, liker lydbesøkende båtliv og fritidsaktiviteter som vannski og parasailing.
Laguner med mer beskyttelse mot det åpne havet har en mer ferskvannsmiljø. Lake Nokoue, Benin, er en lagune hvis smale munning til Atlanterhavet er nesten helt beskyttet av sandstenger. Saltinnholdet varierer med årstidene. I løpet av regntiden, når elver flommer over innsjøen med utløpet, er Lake Nokoue nesten helt ferskvann. I løpet av den tørre årstiden, når elven sakte til vedlikehold og sjøvann siver inn, har Lake Nokoue et mer brakkt økosystem. Fisk som er hjemmehørende i Nokoue-sjøen, som tilapia, har tilpasset seg for å overleve i både brakkvann og ferskvann.

Kystlaguner, som gir beskyttelse mot harde havbølger, brukes ofte som havner. Lake Piso er for eksempel den største innsjøen i det afrikanske landet Liberia. Det er en lagune beskyttet mot Atlanterhavet av store barriereøyer. Piso-sjøen ble brukt som en havn for amerikanske sjøfly under andre verdenskrig.
Lake Nokoue tilbød en annen type beskyttelse i løpet av 1500- og 1600-tallet. Slavehandelsstammer ble forbudt å komme inn i vannet i lagunen, så lokalsamfunn konstruerte en hel by, Ganvie, direkte i vannet. Hjem og virksomheter ble bygget på solide stylter, og transport var begrenset til båter og broer. Innbyggerne ble beskyttet mot fangst og slaveri.
Venezia
Byen Venezia, Italia, er bygget på barriereøyer og en kystlagune ved Adriaterhavet. Faktisk er Venezias kallenavn «Dronning av Adriaterhavet.»
Den venetianske lagunen er det største våtmarken i Middelhavet. Den består for det meste av saltvannsmyr og gjørme. To store elver (Sile og Brenta) tømmes ut i lagunen. De tynne barriereøyene har tre smale åpninger mot Adriaterhavet.
Venezia har imidlertid vært en av de største byene i Italia siden det antikke Roma vokste. Menneskelig aktivitet har radikalt endret økosystemet til den venetianske lagunen.
I dag ligger Venezia på 118 øyer. Ikke alle disse øyene er naturlige trekk ved landskapet. I mer enn 500 år har ingeniører og byledere mudret lagunen for å skape en rekke øyer og kanaler. blitt drenert for å skape land for boliger og industri.
Veksten i Venezia har også drenert akviferen under lagunen og den omkringliggende kysten. Da akviferen krympet, falt landet over den – Venezia sank. Venezias lavere høyde gjorde det stadig mer utsatt for s trong sesongbaserte tidevann fra Adriaterhavet.
Artesiske brønner ble forbudt på 1960-tallet, og ingeniører har utviklet et sofistikert tidevannsbarriereprosjekt for å redusere innsynking og beskytte byen mot flom.
Den venetianske lagunen har kommet seg. Nedsenkningen har avtatt, selv om den berømte tidevannet (høyvann) fortsatt oversvømmer byen i så mye som 1,5 meter vann hver vinter.

Atolllagoner
Atolllaguner ligner kystlaguner. I stedet for å bli skjermet av sandstenger eller barriereøyer, er atolllagunene imidlertid beskyttet av korallrev.Atolllaguner er veldig vanlige i det tropiske vannet i Sør-Stillehavet og det indiske hav.
Atolllaguner dannes ettersom korallrev dannes rundt vulkanske øyer. I løpet av millioner av år senker øya seg i havet. Ringen av korallrev forblir imidlertid. Revene blir atollen og beskytter en lukket lagune der vulkanen var.
Atolllaguner er marine økosystemer. Organismene som finnes i atolllaguner er vanligvis de samme som finnes utenfor den. På grunn av den ringende atollen har mange laguner få innfødte arter i det hele tatt. Organismer, som fisk og gelé, surfer inn når bølger fra havet krasjer over atollen og dumper dem i lagunen. Mange arter av gelé trives i dette beskyttede miljøet, men større rovdyr har få matressurser.
Vannet i atolllagunene er ofte en slående lyseblå på grunn av deres grunne dybde og deres samspill med kalkstein. Korallrev og korallsand er laget av kalkstein, restene av milliarder små koralleksoskeletter. Når kalkstein lekker ut i lagunen, blir det vannet lyst blått.
Den milliard-dollar turistindustrien i Sør-Stillehavet er avhengig av uberørte strender og lyseblå laguner. Disse atolllagunene er også stedet for noen av de mest intense debattene om klimaendringer og havnivåstigning.
Lagoner og atoller er lavtliggende økosystemer som er sårbare for selv den minste endringen i havnivået. Havnivåstigning kan drukne lagunene, og til og med deres ringende atoller. Øynasjoner som Maldivene kan miste ikke bare sin primære næring (turisme), men selve landet. Maldiviske ledere har arbeidet for å bekjempe havnivåstigning og erosjon ved kyst ved å forfølge internasjonale avtaler for å begrense menneskelige bidrag til global oppvarming, oppføre bygninger på stylter, og til og med vurdere å evakuere hele befolkningen.