BREV

Vi leste med interesse papiret «Ribosomal RNA Sequence Analysis of Brucella Infection Misidentified as Ochrobactrum anthropi Infection» av Horvat og kolleger (1 Papiret rapporterte at et Brucella-isolat ble feilidentifisert som Ochrobactrum anthropi. 16S-rRNA-resultatene indikerte at isolatene var Brucella-arter, med 100% samsvar med rRNA-sekvenser av kjente brucellae og lav homologi med Ochrobactrum anthropi-sekvenser.

Vårt laboratorium har møtt slike omstendigheter tre ganger siden desember 2011. Stammer ble isolert fra blodkulturer fra to pasienter som led av feber uten tilsynelatende årsak, og fra en benmargskultur av en pasient med en venstre tibial lesjon. De ble opprinnelig identifisert som Bordetella bronchiseptica (1 tilfelle) og Ochrobactrum anthropi (2 tilfeller) gjennom Vitek 2 Compact mikrobielt identifikasjonssystem og Gram-negativt (GN) identifikasjonskort. Som første tilfelle (m er identifisert som Bordetella bronchiseptica) hadde symptomer på splenomegali, mild forhøyet transaminase, typisk undulant feber og et signifikant forhøyet lymfocyttnivå i antall hvite blodlegemer, 16S rRNA PCR-amplifikasjon og sekvensering ble utført og resultatene ble analysert ved hjelp av GenBank (tiltredelsesnummer ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 og NC_009668.1). Resultatene indikerte at det høyeste identitetsnivået var for Brucella abortus, Brucella melitensis og Brucella microti blant Brucella spp., Samt Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (spørringsdekning, 100%; maksimal identitet, 99%). Imidlertid kunne Ochrobactrum anthropi ekskluderes basert på et negativt resultat observert i halvfast medium-motilitetstest og flagellær flekker. Resultatene antyder at det automatiserte mikrobielle identifikasjonssystemet er upålitelig, så to bevarte stammer identifisert som Ochrobactrum anthropi ved Vitek-testen ble underkulturert og revurdert. 16S rRNA PCR-amplifikasjon, sekvensering og justering ble utført. Resultatene var lik de for den første stammen; dvs. den høyeste identiteten var for flere isolater innenfor Brucella spp. og Ochrobactrum anthropi. Også her ble Ochrobactrum anthropi ekskludert basert på et negativt resultat fra halvfast medium-motilitetstest og flagellfarging. Vi utførte også testen som benyttet sanntids PCR etterfulgt av analyse av kurver med høy oppløsning (HRM) for å identifisere Brucella-stammene. De ble identifisert som Brucella melitensis. Alle tre stammene ble bekreftet som Brucella melitensis av China CDC, og pasientens sera var positive for Brucella-antistoff ved bruk av Brucella mikroagglutinasjonstest. Disse tre flekkene ble serotypet som biovar type I.

Brucella er et potensial agent for bioterrorisme og også et signifikant patogen som forårsaker laboratoriekjøpte infeksjoner (2, 3). Imidlertid har feilidentifisering av Brucella-arter av noen kommersielle bakterielle identifikasjonssystemer blitt rapportert tidligere (4, 5). På grunn av disse gjentatte feilidentifikasjonene, mer og mer laboratorier er nå avhengige av molekylære metoder for å identifisere Brucella. I tillegg til rapporten fra Horvat og kolleger, har studier av Gee et al. vist at Brucella-arten 16S rRNA konsensus-sekvens, generert etter at 65 Brucella-stammer av 6 arter ble sekvensert, delt 100% identitet med 11 Brucella 16S rRNA-gensekvenser i GenBank, inkludert B. melitensis-stamme 16M og B. suis-stamme 1330 (6). Disse resultatene indikerer at 16S rRNA-gensekvenseringsmetoden er et effektivt middel for klinisk å identifisere saktevoksende gramnegative basiller, men vi har alvorlige bekymringer knyttet til fullstendig fravær av homologi med Ochrobactrum anthropi sammenlignet med 99% match til Brucella spp. eller Ochrobactrum anthropi-stammene (inkludert ATCC-stammen) som er rapportert her. Er dette knyttet til bruk av forskjellige databaser (SmartGene versus GenBank)? Vi ser frem til et svar fra Horvat og kollegaer for å utnytte bedre 16S rRNA-sekvensanalyse for å identifisere saktevoksende bakterier som Brucella melitensis.