Het meest voor de hand liggende effect van het verwijderen van de maag is het verlies van een opslagplaats voor voedsel terwijl het wordt verteerd. Omdat er slechts een kleine hoeveelheid voedsel tegelijk in de dunne darm mag komen, zal de patiënt regelmatig kleine hoeveelheden voedsel moeten eten om het maagdumpsyndroom te voorkomen.

Een ander belangrijk effect is het verlies van de intrinsieke factor-uitscheidende pariëtale cellen in de maagwand. De intrinsieke factor is essentieel voor de opname van vitamine B12 in het terminale ileum en zonder deze factor zal de patiënt een vitamine B12-tekort hebben. Dit kan leiden tot een type anemie dat bekend staat als megaloblastaire anemie (kan ook worden veroorzaakt door foliumzuurdeficiëntie of auto-immuunziekte waarbij het specifiek bekend staat als pernicieuze anemie) die de synthese van rode bloedcellen ernstig vermindert (bekend als erytropoëse, evenals andere hemotologische cellijnen indien ernstig genoeg, maar de rode bloedcel is de eerste die wordt aangetast). Dit kan worden behandeld door de patiënt directe vitamine B12-injecties te geven. Bloedarmoede door ijzertekort kan optreden omdat de maag normaal ijzer omzet in zijn opneembare vorm.

Een ander neveneffect is het verlies van de productie van ghreline, waarvan is aangetoond dat dit na een tijdje wordt gecompenseerd. Ten slotte is deze procedure postoperatief geassocieerd met een verminderde botdichtheid en een hogere incidentie van botbreuken. Dit kan te wijten zijn aan het belang van maagzuur bij de opname van calcium.

Postoperatief ontwikkelt tot 70% van de patiënten die een totale gastrectomie ondergaan complicaties zoals dumpingsyndroom en refluxoesofagitis. Een meta-analyse van 25 onderzoeken wees uit dat de constructie van een ‘zakje’, dat dient als ‘maagvervanger’, de incidentie van dumpingsyndroom en refluxoesofagitis met respectievelijk 73% en 63% verminderde en leidde tot verbeteringen in de kwaliteit van -leven, voedingsresultaten en body mass index.

Na een Bilroth II-operatie kan er een kleine hoeveelheid achtergebleven maagweefsel in de twaalfvingerige darm achterblijven. De alkalische omgeving zorgt ervoor dat het vastgehouden maagweefsel zuur produceert, wat kan resulteren in zweren in een zeldzame complicatie die bekend staat als het retained antrum-syndroom.

Alle patiënten verliezen gewicht na een gastrectomie, hoewel de mate van gewichtsverlies afhankelijk is van de omvang van de operatie (totale gastrectomie versus partiële gastrectomie) en de preoperatieve BMI. Maximaal gewichtsverlies treedt op na 12 maanden en veel patiënten komen daarna weer aan.