De tienjarige wees Jane Eyre leeft ongelukkig samen met haar rijke familieleden, de familie Reed, in Gateshead. De tante en neven van Jane zijn verontwaardigd over de voorkeur van wijlen meneer Reed voor haar en grijpen elke gelegenheid aan om haar te verwaarlozen en te misbruiken als herinnering aan haar ondergeschikte positie. Jane’s enige redding van haar dagelijkse vernederingen is Bessie, de vriendelijke bediende die haar verhalen vertelt en haar liedjes zingt. Op een dag confronteert Jane haar pestende neef, John, en mevrouw Reed straft haar door haar op te sluiten in de ‘rode kamer’, de kamer waarin haar oom stierf. Overtuigd dat ze de geest van haar oom ziet, valt Jane flauw. Als ze wakker wordt Jane wordt verzorgd door de apotheker, meneer Lloyd, die suggereert dat ze naar school wordt gestuurd. Mevrouw Reed is blij dat ze van haar lastige aanklacht af is en stuurt Jane onmiddellijk naar de Lowood School, een instelling 80 kilometer van Gateshead .

Jane ontdekt al snel dat het leven op de Lowood School somber is, vooral vanwege de invloed van de hypocriete rector, de heer Brocklehurst, wiens wreedheid en evangelische zelfingenomenheid resulteren in slechte omstandigheden, niet-eetbare maaltijden en regelmatige straffen voor de studenten. Tijdens een inspectie van de school vernedert meneer Brocklehurst Jane door te dwingen op een kruk in het midden van de klas te gaan staan en haar te beschuldigen een leugenaar te zijn. De mooie superintendent, Miss Temple, gelooft in Jane’s onschuld en schrijven vraagt meneer Lloyd om opheldering over Jane’s aard. Hoewel Jane nog steeds te kampen heeft met ontberingen in de sobere omgeving, moedigt de welwillendheid van juffrouw Temple haar aan om zich aan haar studie te wijden.

Terwijl ze op Lowood is, raakt Jane ook bevriend met Helen Burns, die een leerstelling van christelijke vergeving en tolerantie hooghoudt. Helen wordt constant mishandeld door juffrouw Scratcherd, een van de meer onaangename leraren op school, maar behoudt haar passiviteit en “keert de andere wang toe”. Hoewel Jane de leer van Helen niet volledig kan aanvaarden – haar gepassioneerde aard kan haar niet toestaan mishandeling in stilte te verduren – probeert Jane Helens geduld en kalmte in haar eigen karakter te weerspiegelen. In de lente verwoest een uitbraak van tyfus de school en Helen sterft van consumptie in de armen van Jane. De sterfgevallen door tyfus maken de weldoeners attent op de verschrikkelijke omstandigheden van de school, en het is gebleken dat de heer Brocklehurst schoolgeld heeft verduisterd om in zijn eigen luxueuze levensstijl te voorzien. Na de verwijdering van de heer Brocklehurst, is Jane’s tijd op Lowood wordt gelukkiger besteed en ze blinkt uit als student voor zes jaar en als leraar voor twee.

Ondanks haar zekerheid bij Lowood is Jane ontevreden en hunkert naar nieuwe avonturen. Ze aanvaardt een positie als gouvernante bij Thornfield Manor en is verantwoordelijk voor het lesgeven aan een levendig Frans meisje genaamd Adèle. Naast Adèle brengt Jane een groot deel van haar tijd door in Thornfield met mevrouw Fairfax, de bejaarde huishoudster. eh die het landgoed runt tijdens de afwezigheid van de meester. Jane begint ook enkele mysterieuze gebeurtenissen rond Thornfield op te merken, waaronder de constante afwezigheid van de meester van huis en de demonische lach die Jane hoort voortkomen uit de zolder op de derde verdieping.

Na lang wachten ontmoet Jane eindelijk haar werkgever, Edward Rochester, een sombere, afstandelijke man die een duister verleden lijkt te hebben. Hoewel meneer Rochester in traditionele zin niet knap is, voelt Jane zich onmiddellijk tot hem aangetrokken op basis van hun intellectuele gemeenschap. Op een nacht redt Jane meneer Rochester van een brand in zijn slaapkamer, die hij de schuld geeft aan Grace Poole, een naaister met een neiging tot gin. Omdat Grace in Thornfield blijft werken, besluit Jane dat meneer Rochester belangrijke informatie over het incident heeft achtergehouden.

Met het verstrijken van de maanden merkt Jane dat ze steeds meer verliefd wordt op meneer Rochester, zelfs nadat hij haar vertelt over zijn wellustige relatie met Adèle’s moeder. Jane raakt er echter van overtuigd dat meneer Rochester haar genegenheid nooit zal beantwoorden als hij de mooie Blanche Ingram op bezoek brengt in Thornfield. Hoewel Rochester flirt met het idee om met Miss Ingram te trouwen, is hij zich bewust van haar financiële ambities om te trouwen. Tijdens het bezoek van juffrouw Ingram, bezoekt Richard Mason, een oude kennis van Rochester, ook Thornfield en is ernstig gewond geraakt door een aanval – blijkbaar door Grace – midden in de nacht op zolder. Jane, verbijsterd door de omstandigheden, heeft de neiging om hem, en Rochester bekent haar dat hij in het verleden een fout heeft gemaakt die hij hoopt ongedaan te maken door met juffrouw Ingram te trouwen. Hij zegt dat hij een andere gouvernante positie heeft voor Jane die elders in de rij staat.

Jane keert terug naar Gateshead voor een paar weken om de stervende mevrouw Reed te zien.Mevrouw Reed heeft nog steeds een hekel aan Jane en weigert zich te verontschuldigen omdat ze haar als kind slecht heeft behandeld; ze geeft ook toe dat ze loog tegen Jane’s oom, John Eyre, en vertelde hem dat ze was overleden tijdens de tyfusuitbraak bij Lowood.Wanneer Jane terugkeert naar Thornfield, vertelt Rochester haar dat hij de ware motieven van juffrouw Ingram voor het huwelijk kent, en hij vraagt Jane met hem te trouwen. Jane accepteert, maar een maand later onderbreken Mason en een advocaat, Mr. Briggs, de huwelijksceremonie door te onthullen dat Rochester al een vrouw heeft: de zus van Mason, Bertha, die op zolder in Thornfield wordt gehouden onder de hoede van Grace. Poole Rochester bekent zijn vroegere wandaden aan Jane. In zijn jeugd moest hij voor geld trouwen met de rijke Bertha, maar was zich niet bewust van de geschiedenis van waanzin van haar familie. Ondanks zijn beste inspanningen om haar te helpen, raakte Bertha uiteindelijk in een staat van complete waanzin die alleen haar gevangenschap kon beheersen. Jane houdt nog steeds van meneer Rochester, maar ze kan zichzelf niet toestaan zijn minnares te worden: ze verlaat Thornfield.

Berooid en verwoest door de onthullingen van meneer Rochester, is Jane teruggebracht tot bedelen om eten en buiten slapen. Gelukkig nemen de broers en zussen van Rivers, St. John (spreek uit als ‘Sinjin’), Diana en Mary haar mee naar hun huis in Moor House en helpen ze haar op krachten te komen. Jane wordt goede vrienden met de familie en ontwikkelt al snel een geweldige genegenheid voor de dames. Hoewel de stoïcijns religieuze St. John moeilijk te benaderen is, vindt hij Jane een baan als lerares op een school in Morton. Op een dag ontdekt Jane dat ze een enorm fortuin van 20.000 pond heeft geërfd van haar oom John Eyre. Nog verrassender is dat Jane ontdekt dat de broers en zussen van Rivers in feite haar neven zijn. Jane besluit onmiddellijk haar nieuwe rijkdom met haar familieleden te delen.

St. John gaat op zendingswerk in India en vraagt Jane herhaaldelijk om hem als zijn vrouw te vergezellen. Ze weigert, omdat het haar vermogen tot hartstocht in een liefdeloos huwelijk in gevaar zou brengen. In plaats daarvan voelt ze zich aangetrokken tot de gedachten van meneer Rochester en, op een dag, nadat ze een mystieke band met hem, zoekt hem op bij Thornfield. Ze ontdekt dat het landgoed is afgebrand door Bertha, die omkwam in het vuur, en dat meneer Rochester, die zijn gezichtsvermogen en een van zijn handen in het vuur verloor, op het nabijgelegen landgoed van Ferndean woont. Hij is dolgelukkig als ze hem vindt en vertelt zijn kant van de mystieke connectie die Jane had. Hij en Jane trouwen binnenkort. Aan het einde van de roman deelt Jane de lezers mee dat zij en meneer Rochester al tien jaar getrouwd zijn, en dat meneer Rochester op tijd weer in een van zijn ogen kon zien om de geboorte van zijn eerste zoon te zien.