Hoewel de vraag doorgaans metaforisch wordt gebruikt, biedt de evolutiebiologie letterlijke antwoorden, mogelijk gemaakt door het darwinistische principe dat soorten in de loop van de tijd evolueren, en dus dat kippen voorouders hadden die geen kippen waren , vergelijkbaar met een mening van de Griekse filosoof Anaximander toen hij de paradox behandelde.

Als de vraag betrekking heeft op eieren in het algemeen, kwam het ei op de eerste plaats. Het eerste amniote-ei – dat wil zeggen, een ei met een harde schaal dat op het land kan worden gelegd in plaats van in het water te blijven zoals de eieren van vissen of amfibieën – verscheen ongeveer 312 miljoen jaar geleden. Kippen daarentegen zijn gedomesticeerde afstammelingen van rode junglehoenders en zijn waarschijnlijk hoogstens iets meer dan achtduizend jaar geleden ontstaan.

Als de vraag specifiek naar kippeneieren verwijst, is het antwoord nog steeds het ei, maar de verklaring is ingewikkelder. Het proces waardoor de kip is ontstaan door de kruising en domesticatie van meerdere soorten wilde junglehoenders wordt slecht begrepen, en het punt waarop dit evoluerende organisme een kip werd, is een enigszins willekeurig onderscheid. Welk criterium men ook kiest, een dier dat bijna identiek is aan de moderne kip (dwz een proto-kip) legde een bevruchte eicel met DNA dat identiek was aan de moderne kip (vanwege mutaties in de eicel van de moeder, het sperma van de vader, of de bevruchte zygote). Simpel gezegd door Neil deGrasse Tyson: “Wat kwam er eerst: de kip of het ei? Het ei – gelegd door een vogel die geen kip was.”

Er is gesuggereerd dat de werking van een eiwit gevonden in moderne kippeneieren kan het antwoord anders maken. In de baarmoeder produceren kippen ovocleidin-17 (OC-17), wat de vorming van de verdikte calciumcarbonaatschaal rond hun eieren veroorzaakt. Omdat OC-17 wordt uitgedrukt door de kip en niet door het ei, zou de vogel waarin het eiwit voor het eerst ontstond, hoewel hij uit een niet-versterkt ei is gekomen, het eerste ei hebben gelegd met zo’n versterkte schaal: de kip zou voorafgegaan aan dit eerste “moderne” kippenei. De aanwezigheid van OC-17 of een homoloog in andere soorten, zoals kalkoenen en vinken, suggereert echter dat dergelijke eierschaalversterkende eiwitten bij alle vogels voorkomen en dus lang ouder zijn dan de eerste kippen.