Najbardziej oczywistym skutkiem usunięcia żołądka jest utrata miejsca do przechowywania żywności podczas trawienia. Ponieważ do jelita cienkiego można wpuścić jednorazowo tylko niewielką ilość pokarmu, pacjent będzie musiał regularnie jeść niewielkie ilości pokarmu, aby zapobiec zespołowi wysypki żołądkowej.

Innym ważnym skutkiem jest utrata komórek okładzinowych wydzielających czynnik wewnętrzny w wyściółce żołądka. Czynnik wewnętrzny jest niezbędny do wchłaniania witaminy B12 w końcowym odcinku jelita krętego i bez niego pacjent cierpi na niedobór witaminy B12. Może to prowadzić do rodzaju niedokrwistości zwanej niedokrwistością megaloblastyczną (może być również spowodowana niedoborem kwasu foliowego lub chorobą autoimmunologiczną, w której jest ona szczególnie znana jako niedokrwistość złośliwa), która poważnie zmniejsza syntezę krwinek czerwonych (znaną jako erytropoeza, a także inne hemotologiczne linie komórkowe, jeśli są dostatecznie ciężkie, ale pierwsza dotyczy czerwonych krwinek). Można to leczyć, podając pacjentowi bezpośrednie wstrzyknięcia witaminy B12. Niedokrwistość z niedoboru żelaza może wystąpić, ponieważ żołądek normalnie przekształca żelazo w jego przyswajalną formę.

Innym skutkiem ubocznym jest utrata produkcji greliny, która, jak wykazano, jest kompensowana po pewnym czasie. Wreszcie procedura ta jest pooperacyjna związana ze zmniejszoną gęstością kości i większą częstością złamań kości. Może to wynikać ze znaczenia kwasu żołądkowego we wchłanianiu wapnia.

Po operacji u 70% pacjentów poddawanych całkowitej gastrektomii pojawiają się powikłania, takie jak zespół dumpingu i refluksowe zapalenie przełyku. Metaanaliza 25 badań wykazała, że konstrukcja „worka”, który służy jako „substytut żołądka”, zmniejszyła częstość występowania zespołu porzucania i refluksowego zapalenia przełyku odpowiednio o 73% i 63% i doprowadziła do poprawy jakości -życie, wyniki żywieniowe i wskaźnik masy ciała.

Po operacji Bilroth II w dwunastnicy może pozostać niewielka ilość resztkowej tkanki żołądka. Środowisko zasadowe powoduje, że zatrzymana tkanka żołądka wytwarza kwas, co może powodować wrzody w rzadkim powikłaniu znanym jako zespół zatrzymanego żołądka.

Wszyscy pacjenci tracą na wadze po gastrektomii, chociaż stopień utraty wagi zależy od zakres operacji (całkowita gastrektomia vs częściowa gastrektomia) oraz przedoperacyjny BMI. Maksymalna utrata masy ciała następuje po 12 miesiącach i wielu pacjentów wraca do niej później.