LETTER

Z zainteresowaniem czytamy artykuł „Ribosomal RNA Sequence Analysis of Brucella Infection Misidentified as Ochrobactrum anthropi Infection” autorstwa Horvata i współpracowników (1 W artykule podano, że izolat Brucella został błędnie zidentyfikowany jako Ochrobactrum anthropi. Wyniki 16S rRNA wskazały, że izolaty były gatunkami Brucella, ze 100% zgodnością z sekwencjami rRNA znanych brucellae i niską homologią do sekwencji Ochrobactrum anthropi.

Od grudnia 2011 r. nasze laboratorium trzykrotnie spotkało się z takimi okolicznościami. Szczepy zostały wyizolowane z posiewów krwi dwóch pacjentów cierpiących na gorączkę bez wyraźnej przyczyny oraz z posiewu szpiku kostnego pacjenta z uszkodzeniem lewej kości piszczelowej. Początkowo zidentyfikowano je jako Bordetella bronchiseptica (1 przypadek) i Ochrobactrum anthropi (2 przypadki) za pośrednictwem systemu identyfikacji drobnoustrojów Vitek 2 Compact i karty identyfikacyjnej Gram-ujemnej (GN). W pierwszym przypadku (m jest identyfikowany jako Bordetella bronchiseptica) miał objawy brucelozy w postaci splenomegalii, nieznacznie podwyższoną aktywność aminotransferaz, typową falującą gorączkę i znacząco podwyższony poziom limfocytów w jego liczbie białych krwinek, przeprowadzono amplifikację i sekwencjonowanie 16S rRNA PCR i przeanalizowano wyniki za pomocą GenBank (numery dostępu ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 i NC_009668.1). Wyniki wskazały, że najwyższy poziom identyczności dotyczy Brucella abortus, Brucella melitensis i Brucella microti wśród Brucella spp., A także Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (pokrycie zapytań 100%; maksymalna tożsamość 99%). Jednak Ochrobactrum anthropi można było wykluczyć na podstawie ujemnego wyniku zaobserwowanego w teście ruchliwości półstałego-medium i barwieniu wici. Wyniki sugerują, że automatyczny system identyfikacji drobnoustrojów jest zawodny, dlatego dwa zachowane szczepy zidentyfikowane jako Ochrobactrum anthropi w teście Vitek zostały poddane podhodowli i ponownie ocenione. Przeprowadzono amplifikację, sekwencjonowanie i dopasowanie 16S rRNA PCR. Wyniki były podobne do tych dla pierwszego szczepu; tj. najwyższa tożsamość była dla kilku izolatów w obrębie Brucella spp. i Ochrobactrum anthropi. Tutaj ponownie wykluczono Ochrobactrum anthropi na podstawie ujemnego wyniku testu ruchliwości półstałego-medium i barwienia wici. Przeprowadziliśmy również test, który wykorzystywał PCR w czasie rzeczywistym, a następnie analizę krzywej topnienia w wysokiej rozdzielczości (HRM), aby zidentyfikować szczepy Brucella. Zidentyfikowano je jako Brucella melitensis. Wszystkie trzy szczepy zostały potwierdzone jako Brucella melitensis przez chińskie CDC, a surowice pacjentów były dodatnie na obecność przeciwciał Brucella przy użyciu testu mikroaglutynacji Brucella. Te trzy barwniki zostały poddane serotypowaniu jako biowar typu I.

Brucella jest potencjalnym czynnik bioterroryzmu, a także znaczący patogen wywołujący zakażenia laboratoryjne (2, 3) .Jednakże wcześniej zgłaszano błędną identyfikację gatunków Brucella przez niektóre komercyjne systemy identyfikacji bakterii (4, 5). Z powodu tych powtarzających się błędnych identyfikacji coraz więcej laboratoria opierają się obecnie na metodach molekularnych do identyfikacji Brucella. Oprócz raportu Horvata i współpracowników, badania Gee i wsp. wykazały, że sekwencja konsensusowa 16S rRNA gatunku Brucella, wygenerowana po zsekwencjonowaniu 65 szczepów Brucella z 6 gatunków, jest wspólna 100% identyczności z 11 sekwencjami genów Brucella 16S rRNA w GenBank, w tym szczepem B. melitensis 16M i szczepem B. suis 1330 (6). metoda sekwencjonowania genu 16S rRNA jest skutecznym sposobem klinicznej identyfikacji wolno rosnących pałeczek Gram-ujemnych, ale mamy poważne obawy związane z całkowitym brakiem homologii z Ochrobactrum anthropi w porównaniu z 99% dopasowaniem do Brucella spp. lub szczepy Ochrobactrum anthropi (w tym szczep ATCC) opisane tutaj. Czy jest to związane z korzystaniem z różnych baz danych (SmartGene kontra GenBank)? Z niecierpliwością czekamy na odpowiedź Horvata i jego współpracowników, aby lepiej wykorzystać analizę sekwencji 16S rRNA do identyfikacji wolno rosnących bakterii, takich jak Brucella melitensis.