BRIEF

Wir lesen mit Interesse das Papier „Ribosomale RNA-Sequenzanalyse der als Ochrobactrum anthropi-Infektion falsch identifizierten Brucella-Infektion“ von Horvat und Kollegen (1) ). Das Papier berichtete, dass ein Brucella-Isolat als Ochrobactrum anthropi falsch identifiziert wurde. Die 16S-rRNA-Ergebnisse zeigten, dass die Isolate Brucella-Spezies waren, mit 100% Übereinstimmung mit rRNA-Sequenzen bekannter Brucellae und geringer Homologie zu Ochrobactrum anthropi-Sequenzen.

Unser Labor ist seit Dezember 2011 dreimal auf solche Umstände gestoßen. Die Stämme wurden aus Blutkulturen von zwei Patienten, die ohne erkennbaren Grund an Fieber litten, und aus einer Knochenmarkkultur eines Patienten mit einer Läsion der linken Tibia isoliert. Sie wurden ursprünglich als Bordetella identifiziert Bronchiseptica (1 Fall) und Ochrobactrum anthropi (2 Fälle) über das mikrobielle Identifikationssystem Vitek 2 Compact und den gramnegativen (GN) Ausweis. Als erster Fall (m identifiziert als Bordetella bronchiseptica) hatte Brucellose-Symptome von Splenomegalie, leicht erhöhter Transaminase, typischem undulantem Fieber und einem signifikant erhöhten Lymphozytenspiegel in seiner Anzahl weißer Blutkörperchen, 16S-rRNA-PCR-Amplifikation und -Sequenzierung wurden durchgeführt und die Ergebnisse wurden unter Verwendung von GenBank analysiert (Zugangsnummern ACBJ01000075) .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 und NC_009668.1). Die Ergebnisse zeigten, dass Brucella abortus, Brucella melitensis und Brucella microti unter den Brucella spp. Sowie Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (Abfragedeckung 100%; maximale Identität 99%) den höchsten Identitätsgrad aufwiesen. Ochrobactrum anthropi konnte jedoch aufgrund eines negativen Ergebnisses, das im Motilitätstest für halbfestes Medium und bei der Flagellenfärbung beobachtet wurde, ausgeschlossen werden. Die Ergebnisse legen nahe, dass das automatisierte mikrobielle Identifikationssystem unzuverlässig ist, sodass zwei konservierte Stämme, die durch den Vitek-Test als Ochrobactrum anthropi identifiziert wurden, subkultiviert und neu bewertet wurden. 16S-rRNA-PCR-Amplifikation, Sequenzierung und Alignment wurden durchgeführt. Die Ergebnisse waren ähnlich denen für den ersten Stamm; d.h. die höchste Identität bestand bei mehreren Isolaten innerhalb der Brucella spp. und Ochrobactrum anthropi. Auch hier wurde Ochrobactrum anthropi aufgrund eines negativen Ergebnisses aus dem halbfesten Medium-Motilitätstest und der Flagellenfärbung ausgeschlossen. Wir führten auch den Test durch, bei dem eine Echtzeit-PCR gefolgt von einer hochauflösenden Schmelzkurvenanalyse (HRM) verwendet wurde, um die Brucella-Stämme zu identifizieren. Sie wurden als Brucella melitensis identifiziert. Alle drei Stämme wurden von der chinesischen CDC als Brucella melitensis bestätigt, und die Patientenseren waren unter Verwendung des Brucella-Mikroagglutinationstests positiv für Brucella-Antikörper. Diese drei Färbungen wurden als Biovar Typ I serotypisiert. Brucella ist ein Potential Erreger des Bioterrorismus und auch ein signifikanter Erreger, der im Labor erworbene Infektionen verursacht (2, 3). Es wurde jedoch bereits über eine falsche Identifizierung von Brucella-Arten durch einige kommerzielle bakterielle Identifikationssysteme berichtet (4, 5). Aufgrund dieser wiederkehrenden falschen Identifizierung immer mehr Laboratorien verlassen sich jetzt auf molekulare Methoden zur Identifizierung von Brucella. Zusätzlich zu dem Bericht von Horvat und Kollegen haben Studien von Gee et al. gezeigt, dass die 16S-rRNA-Konsensussequenz der Brucella-Spezies, die nach der Sequenzierung von 65 Brucella-Stämmen von 6 Spezies erzeugt wurde, geteilt wurde 100% Identität mit 11 Brucella 16S-rRNA-Gensequenzen in GenBank, einschließlich B. melitensis-Stamm 16M und B. suis-Stamm 1330 (6). Diese Ergebnisse zeigen, dass Die 16S-rRNA-Gensequenzierungsmethode ist ein effizientes Mittel zur klinischen Identifizierung langsam wachsender gramnegativer Bazillen. Wir haben jedoch ernsthafte Bedenken hinsichtlich des vollständigen Fehlens einer Homologie mit Ochrobactrum anthropi im Vergleich zu 99% Übereinstimmung mit Brucella spp. oder die hier berichteten Ochrobactrum anthropi-Stämme (einschließlich des ATCC-Stammes). Ist dies mit der Verwendung verschiedener Datenbanken verbunden (SmartGene versus GenBank)? Wir freuen uns auf eine Antwort von Horvat und Kollegen, um die 16S-rRNA-Sequenzanalyse besser nutzen zu können, um langsam wachsende Bakterien wie Brucella melitensis zu identifizieren.