Den mest uppenbara effekten av avlägsnande av magen är förlusten av en förvaringsplats för mat medan den smälts. Eftersom endast en liten mängd mat kan släppas in i tunntarmen åt gången, måste patienten äta små mängder mat regelbundet för att förhindra gastrisk dumpningssyndrom.

En annan viktig effekt är förlusten av de inneboende faktorutsöndrande parietala cellerna i magslemhinnan. Inneboende faktor är avgörande för upptag av vitamin B12 i terminal ileum och utan den kommer patienten att drabbas av vitamin B12-brist. Detta kan leda till en typ av anemi som kallas megaloblastisk anemi (kan också orsakas av folatbrist eller autoimmun sjukdom där det är särskilt känt som perniciös anemi) vilket kraftigt minskar syntesen av röda blodkroppar (känd som erytropoies, liksom andra hemotologiska cellinjer om tillräckligt allvarliga men den röda blodkroppen är den första som påverkas). Detta kan behandlas genom att ge patienten direkta injektioner av vitamin B12. Järnbristanemi kan uppstå eftersom magen normalt omvandlar järn till sin absorberbara form. Slutligen är denna procedur associerad postoperativt med minskad bentäthet och högre förekomst av benfrakturer. Detta kan bero på magsyrans betydelse för kalciumabsorptionen.

Postoperativt utvecklar upp till 70% av patienterna som genomgår total gastrektomi komplikationer som dumpningssyndrom och refluxesofagit. En metaanalys av 25 studier visade att konstruktionen av en ”påse”, som fungerar som ett ”magersättningsmedel”, minskade förekomsten av dumpningssyndrom och refluxesofagit med 73% respektive 63% och ledde till förbättringar av kvaliteten på -liv, näringsresultat och kroppsmassindex.

Efter operationen i Bilroth II kan en liten mängd kvarvarande magvävnad finnas kvar i tolvfingertarmen. Den alkaliska miljön får den kvarhållna magvävnaden att producera syra, vilket kan leda till sår i en sällsynt komplikation som kallas retained antrum syndrom.

Alla patienter går ner i vikt efter gastrektomi, även om omfattningen av viktminskning är beroende av omfattningen av operationen (total gastrektomi vs partiell gastrektomi) och det preoperativa BMI. Maximal viktminskning inträffar efter 12 månader och många patienter återfår vikt efteråt.