Vid tidpunkten för presidentvalet 1984 var Reagan på höjden av sin popularitet. Med hjälp av slagord som ”It’s morning in America” och ”America is back” betonade hans omvalskampanj landets ekonomiska välstånd och dess förnyade ledarroll i världsfrågor. På valdagen besegrade Reagan och Bush lätt sina demokratiska motståndare, Walter Mondale och Geraldine Ferraro, med 59 procent till 41 procent av de populära rösterna; i valkollegiet fick Reagan 525 röster mot Mondales 13, det största antalet röstval för någon kandidat i historien. Med större delen av landet bakom sig verkade Reagans framtidsutsikter under hans andra mandatperiod ljusa. Bara två år senare skulle han dock vara inblandad i den värsta skandalen i sin politiska karriär, en som skulle kosta honom mycket populärt och partistöd och avsevärt försämra hans förmåga att leda landet.

I början av november 1985, på förslag av chefen för National Security Council (NSC), Robert (”Bud”) McFarlane, godkände Reagan ett hemligt initiativ för att sälja antitank- och luftfartsmissiler till Iran i utbyte mot landets hjälp med att säkra frisläppandet av amerikaner hålls gisslan av terroristgrupper i Libanon. Initiativet stred direkt mot administrationens offentligt uttalade politik att vägra att förhandla med terrorister eller att hjälpa länder – som Iran – som stödde internationell terrorism. i november 1986 (endast en månad efter att Reagan beordrade raser mot Libyen som vedergällning för dess påstådda deltagande i Berlinbombningen), visade sig presidenten intensivt pinsam. Ännu mer skadlig g var emellertid tillkännagivandet senare samma månad av justitieminister Edwin Meese att en del av de 48 miljoner dollar som tjänats in från försäljningen hade omdirigerats till en hemlig fond för att köpa vapen och förnödenheter för Contras i Nicaragua. Avledningen utfördes av en obskur NSC-assistent, US Marine Corps Lieutenant Colonel Oliver North, med godkännande av McFarlanes efterträdare vid NSC, bakadmiral John Poindexter. (North, som det senare avslöjades, hade också bedrivit privat insamling av kontras.) Dessa aktiviteter utgjorde ett brott mot en lag som antogs av kongressen 1984 (det andra Boland-ändringsförslaget) som förbjöd direkt eller indirekt amerikanskt militärt stöd till Contra-upproret.

Som svar på krisen, vid den här tiden känd som Iran-Contra Affair, avfyrade Reagan både North och Poindexter och utsåg en specialkommission, ledd av före detta senator John Tower of Texas ( Tower Commission) för att utreda ärendet. En oberoende advokat, domare Lawrence Walsh, utsågs också, och kammaren och senaten inledde gemensamma utfrågningar för att undersöka både vapenförsäljningen och det militära stödet till kontrasen. Som ett resultat av Walshs utredningar dömdes North och Poindexter på anklagelser för att ha hindrat rättvisa och relaterade brott, men deras övertygelser upphävdes i överklagande, med motiveringen att vittnesbördet vid deras rättegångar hade påverkats av information som de hade lämnat till kongressen under en begränsad beviljande av immunitet. Reagan accepterade ansvaret för vapen-för-gisslan-affären men förnekade all kunskap om avledningen. Även om inga bevis framkom som tyder på att han var djupare involverad, förblev många i kongressen och allmänheten skeptiska. Ändå verkade de flesta av allmänheten så småningom vara villiga att förlåta honom för vad de trodde han hade gjort, och hans popularitet, som hade sjunkit dramatiskt under de första månaderna av krisen, återhämtade sig gradvis.