BREV

Vi läser med intresse papperet ”Ribosomal RNA-sekvensanalys av Brucella-infektion felaktigt identifierad som Ochrobactrum anthropi-infektion” av Horvat och kollegor (1 Papperet rapporterade att ett Brucella-isolat identifierades felaktigt som Ochrobactrum anthropi. 16S-rRNA-resultaten indikerade att isolaten var Brucella-arter, med 100% överensstämmelse med rRNA-sekvenser av kända brucellae och låg homologi med Ochrobactrum anthropi-sekvenser.

Vårt laboratorium har stött på sådana omständigheter tre gånger sedan december 2011. Stammar isolerades från blodkulturer hos två patienter som led av feber utan uppenbar orsak och från en benmärgskultur hos en patient med vänster tibial lesion. De identifierades ursprungligen som Bordetella bronchiseptica (1 fall) och Ochrobactrum anthropi (2 fall) genom Vitek 2 Compact mikrobiellt identifieringssystem och Gram-negativt (GN) identifikationskort. Som det första fallet (m identifierades som Bordetella bronchiseptica) hade brucellossymtom på splenomegali, lätt förhöjt transaminas, typisk undulant feber och en signifikant förhöjd lymfocytnivå i hans antal vita blodkroppar, 16S rRNA PCR-förstärkning och sekvensering utfördes och resultaten analyserades med GenBank (anslutningsnummer ACBJ01000075 .1, ACEM01000005.1, NC_013118.1 och NC_009668.1). Resultaten indikerade att den högsta nivån av identitet var för Brucella abortus, Brucella melitensis och Brucella microti bland Brucella spp., Samt Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 (frågetäckning, 100%; maximal identitet, 99%). Emellertid kunde Ochrobactrum anthropi uteslutas baserat på ett negativt resultat observerat i halvfast medium-rörlighetstest och flagellär färgning. Resultaten antyder att det automatiska mikrobiella identifieringssystemet är opålitligt, så två bevarade stammar som identifierats som Ochrobactrum anthropi genom Vitek-testet subodlades och omvärderades. 16S rRNA PCR-amplifiering, sekvensering och inriktning utfördes. Resultaten liknade resultaten för den första stammen; dvs den högsta identiteten var för flera isolat inom Brucella spp. och Ochrobactrum anthropi. Även här uteslöts Ochrobactrum anthropi baserat på ett negativt resultat från halvfast medium-rörlighetstest och flagellär färgning. Vi utförde också testet som använde PCR i realtid följt av högupplöst smältning (HRM) -kurvanalys för att identifiera Brucella-stammarna. De identifierades som Brucella melitensis. Alla tre stammarna bekräftades som Brucella melitensis av China CDC, och patienternas serum var positiva för Brucella-antikropp med Brucella mikroagglutinationstest. Dessa tre fläckar serotypades som biovar typ I.

Brucella är en potential agent för bioterrorism och också en signifikant patogen som orsakar laboratorieförvärvade infektioner (2, 3). Felidentifiering av Brucella-arter av vissa kommersiella bakterieidentifieringssystem har tidigare rapporterats (4, 5). På grund av dessa återkommande felidentifieringar har fler och fler rapporterats. laboratorier förlitar sig nu på molekylära metoder för att identifiera Brucella. Förutom rapporten från Horvat och kollegor har studier av Gee et al. visat att Brucella-artens 16S rRNA-konsensus-sekvens, genererad efter 65 Brucella-stammar av 6 arter, sekvenserades, delades 100% identitet med 11 Brucella 16S rRNA-gensekvenser i GenBank, inklusive B. melitensis-stam 16M och B. suis-stam 1330 (6). Dessa resultat indikerar att 16S rRNA-gensekvenseringsmetoden är ett effektivt sätt att kliniskt identifiera långsamt växande gramnegativa baciller, men vi har allvarliga farhågor relaterade till den fullständiga frånvaron av homologi med Ochrobactrum anthropi jämfört med 99% matchningen med Brucella spp. eller Ochrobactrum anthropi-stammarna (inklusive ATCC-stammen) som rapporteras här. Är detta förknippat med användningen av olika databaser (SmartGene kontra GenBank)? Vi ser fram emot ett svar från Horvat och kollegor för att bättre utnyttja 16S rRNA-sekvensanalys för att identifiera långsamt växande bakterier som Brucella melitensis.